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DNase I溶液配制全攻略:RNA提取中DNA残留的根本解决方案

发布时间:2026-07-13      点击次数:16

DNase I溶液配制全攻略:RNA提取中DNA残留的根本解决方案

RNA实验最怕什么?提完RNA跑胶一看——28S和18S条带倒是清晰,但基因组DNA的条带也明晃晃地在那里。qPCR内参Ct值异常、反转录效率忽高忽低……所有问题都指向同一个根源:你的RNA样本里混进了基因组DNA。

DNase I处理是解决这个问题的“标准答案”。但问题来了——DNase I本身怎么配、怎么用,很多实验党却搞不清楚。

今天一次性把DNase I的配方、配制逻辑和坑点讲明白。

一、DNase I是干什么的?—— 一把“专切DNA的剪刀”

DNase I(脱氧核糖核酸酶I)是一种依赖二价阳离子的核酸内切酶。它能水解单链或双链DNA的磷酸二酯键,产生带有5‘-磷酸基团和3’-OH末端的寡核苷酸。

RNA提取和蛋白质纯化中,它的核心任务只有一个:把样品里的基因组DNA彻底清除,不让它污染你的RNA或蛋白。

你可以把它想象成一把只切DNA、不动RNA的精密剪刀——但它有个特点:活性严格依赖Mg²⁺或Mn²⁺等二价阳离子。

二、一张表看懂DNase I的核心配方

DNase I的配制分为储存液(长期保存)和工作液(现用现配)两个层级。市面上常用的配制方案有以下几种:[1][2]

配方方案

储存液溶剂/缓冲液

关键添加剂

终浓度

保存条件

来源/适用场景

方案一(水溶法)

RNase-Free ddH₂O

2700 U/mL(1500 U/550 μL)

-20℃保存9个月;4℃可保存6周

天根DNase I干粉配制方案

方案二(Tris-HCl+甘油法)

20 mM Tris-HCl(pH 7.5)

+ 50%甘油(部分版本含1 mM MgCl₂,部分不含)

10 U/μL

-20℃保存,避免反复冻融

GoldBio蛋白纯化用DNase I储存液

方案三(Tris+甘油+NaCl法)

20 mM Tris(pH 7.5)

50%甘油 + 50 mM NaCl

20,000 U/mL

-20℃分装保存

PMC文献,用于DNase I足迹实验等

方案四(稀HCl+甘油法)

0.0025 N HCl (若担心酸处理对RNA的影响,可改用10 mM Tris-HCl (pH 7.5)配制。)

50%甘油

2 mg/mL

-20℃保存

CSH Protocols经典配方

方案五(纯水法)

灭菌Milli-Q H₂O

10 mg/mL

4℃保存2个月

CSH Protocols(2024),用于防止细胞聚集

 ⚠️ 方案选择建议

  1. 如果你买的是干粉(如天根RT411):按方案一,用试剂盒配套的RNase-Free ddH₂O溶解即可

  2. 如果你买的是高浓度酶液、需要长期保存:推荐方案二或方案三,加甘油防冻保护[3]

  3. 如果短期使用(2个月内) :方案五最省事,纯水溶解后4℃保存即可

三、配制步骤(照着做,不踩坑)

以最常见的方案一(天根DNase I干粉溶解法) 为例:

Step 1:准备耗材 准备好RNase-Free的ddH₂O、移液器和无菌枪头。注意:DNase I干粉有时会形成一层薄膜贴在瓶壁上,肉眼看起来像是空的——请不要误以为瓶子是空的而打开瓶盖造成损失。

Step 2:溶解 用RNase-Free注射器将550 μL RNase-Free ddH₂O注射进DNase I干粉瓶中(1500 U),颠倒混匀使DNase I完全溶解。

⚠️ 关键提醒:请轻柔颠倒混匀,或低速短时涡旋(不超过3秒)。避免剧烈、长时间振荡。

Step 3:分装 将溶解后的DNase I储存液分装成小份(建议每管20-50 μL),-20℃冻存。

Step 4:工作液的配制(以柱上式RNA提取为例) 以天根柱式RNA提取方案为例:每个样品取 10 μL DNase I储存液,加入 70 μL Buffer RDD(即用型1×缓冲液),轻柔混匀。

实验党必看的关键提醒

  1. 金属离子是“启动开关”:DNase I的活性严格依赖Mg²⁺或Mn²⁺。反应体系中必须含有这些二价阳离子,否则酶“有劲使不出”。

  2. EDTA是“终止按钮”:要终止DNase I反应,加入EDTA即可——EDTA螯合掉Mg²⁺等二价阳离子,酶瞬间失活。也可以65℃加热10分钟灭活。

  3. 用量参考:一般1 U DNase I可消化小于1 μg的DNA。Thermo Fisher推荐每10 μg RNA使用2 U DNase I。具体用量需根据实验优化。

  4. 融化的储存液不要再冻回去:从-20℃取出的DNase I储存液融化后,应置于4℃保存(可保存6周),不要再次冻存。反复冻融会导致活性大幅下降。

  5. DNase I ≠ RNase-Free DNase I:普通DNase I可能含有RNase污染,用于RNA样品处理时,务必选择“RNase-Free”级别的DNase I。

  6. DNase I处理后的RNA回收不可省略:反应结束后,推荐采用柱式纯化方式,将反应液直接过RNA纯化柱,洗涤后洗脱RNA,DNase I被完全去除。如需溶液内处理,可采用65℃加热10分钟灭活,但需注意高温可能导致RNA降解;或加入EDTA至终浓度2.5 mM终止反应,但后续反转录时需注意EDTA对Mg²⁺的螯合作用,建议适当增加反转录体系中Mg²⁺的补加量。

四、不想自己溶解、分装、算浓度?试试「开盖即用」的DNase I

 DNase I实拍图.jpg

杭州富沃克生物推出的DNase I溶液(RNase-Free) ,直接帮你省掉所有配制步骤。产品经过严格纯化处理,不含RNase,开盖即用,无需自行溶解和分装。你只需要根据实验需求,直接取用配制工作液即可。

把配制的麻烦交给专业厂家,把时间留给真正重要的实验——毕竟,实验最大的成本不是试剂,是你的时间。

产品信息

 

产品名称

规格

产品货号

DNase

1ml200U

FDN606-01

 厂家联系微信号:19850855600

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邮箱:support@fwkbio.com

官网链接:DNase I-杭州富沃克生物科技有限公司

参考文献

[1] DNase I Solution (10 mg/mL),Cold Spring Harbor Protocols, 2024

[2] STAR Protoc. 2022 Dec 9;3(4):101914. doi: 10.1016/j.xpro.2022.101914.

[3] DNase I Stock Solution for Protein Purification,GoldBio

 


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